Проект является уникальным по составу участников — от студентов до маститых ученых, от работников искусства до представителей государственной власти. Он объединяет в себе специалистов разных естественных наук — от геологии до географии и экологии, а также гуманитарных наук — от истории до этнографии. «Флотилия» вносит большой вклад в экологическое просвещение, в краеведение и в воспитание патриотизма.
Для Фонда им. В.И. Вернадского важным является и то, что «Флотилия плавучих университетов» привлекает к своей деятельности учредителей и партнеров Фонда.
Помимо Фонда, одним из партнёров проекта также выступает один из учредителей Фонда — ООО «Газпром трансгаз Саратов». Также среди организаторов и партнеров «Флотилии плавучих университетов» много тех организаций и вузов, с которыми тесно сотрудничает и взаимодействует Фонд им. В.И. Вернадского. В частности, Ассоциация «Объединенный университет имени В.И. Вернадского», Молодежный клуб Русского географического общества, Музей землеведения МГУ, Кафедра ЮНЕСКО в МГУ им. М.В. Ломоносова. Среди организаторов экспедиции также вузы, которые являются региональными комиссиями стипендиальной программы Фонда им. В.И. Вернадского – Дальневосточный федеральный университет, Тамбовский государственный технический университет, Томский государственный университет.
Проект «Флотилия плавучих университетов» не раз принимал участие в конкурсах Фонда (Международном проекте «Экологическая культура. Мир и согласие» и «Национальной экологической премии им. В.И. Вернадского») и отмечался Фондом за значимость и ценность проводимых исследований. В 2018 году проект стал победителем «Национальной экологической премии им. В.И. Вернадского» в номинации «Экологическое образование в интересах устойчивого развития».